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Optimize table
Ejecutar el comando //optimize// para defragmentar las tablas

=mysql_pconnect=

Optimize Table desfragmenta la tabla, la repara y la ordena. http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/optimize-table.html

Evitar los tipos de columna de longitud variable
Los campos con longitud fija (CHAR, por ejemplo) son más rápidos que los de longitud variable (VARCHAR, por ejemplo). Pero, como contrapartida, ocupan más espacio en disco. Aún así, para las tablas **MyISAM**, se recomienda evitar el uso de las columnas de longitud variable (VARCHAR, BLOB, and TEXT).

Insertar filas múltiples
Es recomendable ejecutar un insert multiple a varios inserts distintos. La sintaxis es: INSERT INTO table (col1, col2) VALUES ('value1', 1), ('value2', 2), ('value3', 3)

Las tres claves que deberías de tener en cuenta con tablas muy grandes en MySQL son: Buffers,Índices y consultas.
 * **Un** **buffer** es una ubicación de la memoria reservada para el almacenamiento temporal de información digital.
 * **Índices:** es más rápido leer los datos usando un índice, que haciendo una lectura secuencial.

Índices

 * Indexe las columnas sobre las que realiza la búsqueda, no sobre las que selecciona (las que aparecen la cláusula WHERE o las nombradas en las cláusulas join)
 * Los índices trabajan mejor sobre columnas con valores únicos y diferentes y peor con aquellas que tiene muchos valores duplicados
 * Si va a indexar una columna de cadenas, especifique una longitud prefijada, siempres que sea razonable hacerlo asi, por ejemplo si tiene una columna CHAR (200), no indexe la columna entera si la mayor parte de los valores son únicos dentro de los 10 o 20 primeros caracteres. Indexar estos 10 o 20 primeros caracteres le ahorrara mucho espacio en el índice, y probablemente hará más rapidas su consultas.
 * No abuse de los índices. Si tiene un índice que raramente, o nunca, se usa estás hasta ralentizando el sistema volviendo más lenta de forma innecesaria las modificaciones de la tabla.
 * Los índices se usan para operaciones <, <=, =, >=, >, BETWEEN y LIKE

EXPLAIN Select
http://www.mysql-hispano.org/page.php?id=29&pag=8

Permisos del usuario
Usar permisos simples cuando se ejecuta una sentencia GRANT permite a MySQL reducir la carga en la verificación de permisos cuando los clientes ejecutan sentencias